电视剧 · 1997 · 欧美 · 欧美 

金·曼纳斯 / 大卫·杜楚尼 / 吉莲·安德森 / 米彻·佩勒吉 / 威廉·B·戴维斯 / 汤姆·布莱德伍德 / 迪恩·哈格鲁德 / 布鲁斯·哈伍德 / 约翰·芬 / 

继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间

电视剧 · 1996 · 欧美 · 欧美 

R.W.古德温 / 大卫·杜楚尼 / 吉莲·安德森 / 米彻·佩勒吉 / 威廉·B·戴维斯 / 布莱恩·汤普森 / 史蒂文·威廉姆斯 / 劳瑞·侯登 / 莫里斯·潘迟 / 布雷丹·贝塞尔 / 

到这季开始时，X档案已是家喻户晓的科幻影集了。虽然仍被某些人认为太过偏激，但在金球奖艾美奖纷纷获得肯定。今年仍是一贯过去的风格，但加入了许多穆德、史卡利个别的个人生活。穆德的另一资料来源-X在今年死亡。另外一重大发展则是史卡利发现自己患有癌症，住院治疗，病情虽稳定住，但仍有危险。本季也介绍了癌人的年轻时代，向观众交待他的历史。本季也包括了一集喜剧，相信看过的朋友都知道。本季结束于穆德在从阿拉斯加调查回来后对生命厌倦，而举枪自杀。